Un nuage de bulles est apparu sur le monde de Mario. Personne ne faisait attention à elle, mais en vain. Elle a soudainement augmenté de taille, a coulé au sol et a capturé tous les habitants du monde. Seul Mario a réussi à échapper à la capture. Aidez-le dans Super Mario Bubble Shoot pour libérer tous les habitants et même ceux qui lui sont hostiles.