Dans Puzzle Sigma, vous aiderez des créatures amusantes de différentes couleurs à sortir du piège. L'un des personnages sera visible sur l'écran devant vous. À une certaine distance de celui-ci, un portail sera visible, indiqué par un drapeau. Vous devrez contrôler votre personnage pour le mener à travers tous les dangers et pièges jusqu'à cet endroit. Dès que votre héros touchera le portail, vous recevrez des points et vous passerez au niveau suivant du jeu Puzzle Sigma.