Dans le jeu Pixel Samurai, vous devrez aider un brave samouraï à lutter contre des bandes de criminels. Devant vous sur l'écran sera visible votre personnage, qui courra le long de la route en prenant progressivement de la vitesse. Sur le chemin du héros, il y aura différents types d'obstacles et de pièges que le samouraï devra tous surmonter. Ayant rencontré des adversaires, votre samouraï devra frapper au pas de course avec une épée et ainsi anéantir tous les adversaires rencontrés.