Dans le jeu Pen Boy Runner, vous devrez aider le crayon à marcher le long d'un certain itinéraire et à trouver ses frères. Votre héros sera visible devant vous, qui glissera le long de la route en prenant progressivement de la vitesse. L'itinéraire le long duquel le crayon doit se déplacer est indiqué par une ligne pointillée. Vous utiliserez les touches de contrôle pour faire avancer le crayon. En chemin, il devra collecter divers objets utiles éparpillés un peu partout.