Dans Ninja Crossword Challenge, vous devez résoudre des mots croisés intéressants. Sur l'écran devant vous, vous voyez un terrain de jeu divisé en deux parties. Sur la gauche, vous verrez une grille de mots croisés. À droite se trouve une liste de questions. Au bas de l'écran se trouvent les lettres de l'alphabet. Après avoir lu la question, vous devez saisir votre réponse en utilisant les lettres de l'alphabet. Soumettez votre réponse et attendez le résultat. Si c'est correct, vous obtenez des points pour deviner le mot dans le Ninja Crossword Challenge et continuez à monter de niveau.