Dans Kurofune Samurai, vous aiderez un samouraï à combattre une escouade de guerriers ninja. Devant vous sur l'écran vous verrez l'emplacement dans lequel se trouveront votre samouraï et ses adversaires armés d'épées. Vous devrez frapper avec votre épée pour détruire l'ennemi et obtenir des points pour cela dans le jeu Kurofune Samurai. Après la mort, vous pourrez récupérer les trophées laissés par le ninja.